Dalam proses KBM (Kegiatan Belajar Mengajar) di SMP Khaira Ummah IBS, Pondok Pesantren Modern Khaira Ummah, memang masih terjadi kendala khususnya kurangnya sarana dan prasarana sekolah. Dikarenakan sekolah yang masih baru (menginjak tahun kelima), dan mahalnya biaya pembangunan di banding dengan pulau-pulau besar di Indonesia.
Kab. Kep. Anambas yang lokasinya jauh dari perkotaan, seperti semen, besi, atap dll. Yang masih harus di datangkan dari tempat lain. Sehingga harga-harga tersebut relatif lebih mahal dibanding dengan daerah lain. Hal ini mungkin berefek dengan sulitnya mendapat sarana yang mencukupi untuk keperluan pembelajaran di sekolah.
Pengalaman penulis, bahkan kadang untuk praktek-praktek keseharian seperti peralatan elektronika, LCD proyektor, komputer dll. Ada beberapa peralatan yang harus menunggu beberapa minggu untuk memperoleh barang dengan memesan secara online.
Dengan kendala demikian, pemenuhan sarana dan prasarana sekolah masih menjadi kendala yang utama, tahun ini kami mendapatkan bantuan berupa pembangunan RKB 2 lokal dari Dinas Pendidikan. Proses pembangunan sedang berjalan hingga sekarang.
